Luku Mali Lošinj tiču i linije u domaćem putničkom i trajektnom prometu i to:
1. Pula-Unije-Susak-Mali Lošinj-Ilovik-Silba-Zadar (brodar Catamaran Line)
2. Mali Lošinj-Premuda-Silba-Olib-Ist-Zadar(Gaženica) (brodar Jadrolinija)
3. Mali Lošinj-Srakane Vele-Unije -Susak-Mali Lošinj (brodar Jadrolinija)
4. Mali Lošinj-Ilovik-Susak-Unije-Martinšćica-Cres-Rijeka (brodar Jadrolinija)